Серијата се случува четири години по настаните на Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS, за време на кои магичната девојка Наноха Такамачи спасила и посвоила млада девојка по име Вивио, која е реинкарнација на Санкт Кајзер, Оливи Сегбрехт. По влегувањето во четврта година од основното училиште, Вивио добива свој уред за интелигенција, Sacred Heart, и добива моќ да се трансформира користејќи го нејзиниот возрасен режим Sankt Kaiser. Таа наскоро наидува на девојка по име Ајнхарт Стратос, која, слично на Вивио, е потомок на друг владетел на Санкт Кајзер, Клаус Г.С. Ингвалт. Додека Ајнхарт станува решена да докаже дека нејзиниот стил на борба е најсилен, Вивио се спријателува со неа и заедно со нејзините пријатели влегува на турнир во боречки вештини каде што се борат против разни магични противници и дознаваат повеќе за нивните минати животи.
