Браќата ја изведуваат забранетата алхемиска техника на човечка трансмутација во обид да ја воскреснат кога Триша ќе умре од чума. Како резултат на тоа, трансмутацијата се врати назад и во законот со еднаква размена, левата нога и целото тело на Елвард на Алфонс се уништени. Едвард ја губи десната рака за да ја спаси душата на Алфонс, врзувајќи ја со крвен печат во панцир. Рој Мустанг го поканува Едвард да стане метод за обновување на телото на Алфонс, кој ќе го истражува државен алхемичар. Едвард триумфира, станувајќи го името според неговите протетски екстремитети, алхемичарот со целосна метал.
Три години подоцна, Елрикс го бара легендарниот камен на филозофот за да ги реализира своите цели. Маркох ги испраќа своите белешки да бидат пронајдени од нив, сепак тие учат дека основниот фактор навистина треба да се направи Каменот се човечки жртви. Другарот на Мустанг, Мејс Хјуз, продолжува со истражувањето, но е застрелан со маскирана завист за наоѓање на стратегиите на хомункулите.
Гледајќи со Изуми, Елрикс дознава дека човечката трансмутација била извршена врз нејзиното мртво дете. Безобразниот хомукунс алчност го фаќа Алфонс, но го спаси претседателот на Аместрис, кралот Бредли, за кој се покажа дека функционира како хомункул гнев. Така, алчноста е стопена и реапсорбирана од иницијаторот Татко на Хомункулите. Вини и Елрикс се враќаат во Централ Сити за да одат со Хјуз, но дознаваат за неговото починато. Поручникот Марија Рос е подготвена за убиството на Хјуз, но очигледно е убиен од Мустанг. Сепак, Едвард дознава дека заминувањето на Рос било исценирано за да може таа да биде криумчарена од Мустанг од обединетите држави во Синг, помогната од кнегезискиот принц Линг Јао. Едвард е повторно обединет со Хоенхајм, но го презира за неговото долго отсуство во престојот.
Како што напредува нарацијата, хоманукулите се среќаваат од протагонистите постојано. Мустангот ја убива страста; Мустанг и Линг го фаќаат ненаситноста, сепак тој завршува со конзумирање на завист во неговиот анул, и на Едвард, како стомак како Линг. Ненаситноста го носи Алфонс да се сретне со Татко, но Линг се претвора во хомункулус, поточно најновиот аватар на алчноста, кога другите избегаат од стомакот на ненаситност. Елрикс се ослободени за да продолжат со потрагата под услов Татко да не се спротивстави од нив.
Лоцирајќи подземен тунел под Бригс, генералот Оливие Армстронг го пронашол Татко и Елрикс создава национална група за трансмутација и има намера да им даде на своите граѓани за да може да се искачи на божеството. Алчноста се обновува со предавствата на Татко и неговите претходни сеќавања, здружувајќи се со и Едвард, химерите од Кимели Хоенхајм. Хоенхајм им открива на своите синови индивидуално дека тој не е смртен, претворен во жив камен на филозофот од страна на таткото четиристотини години наназад.
Денот на ветувањето пристигнува и Татко се подготвува да ја започне својата стратегија имајќи затемнување и оние што се обидоа со човечка трансмутација да бидат жртви што се од суштинско значење. Различните протагонисти се во конфликт со татковците, со истекување на сите хомункули. Следејќи го принудниот Мустанг, како и Елрикс, Изуми, Хоенхајм се собираат како причини што таткото ја активира националната трансмутација. Како и да е, Скар и Хоенхајм ги активираат Аместрите да бидат спасени со контрамерки. Алчноста е уништена од Татко, иако таткото е соочен над земјата, каде што протагонистите се борат против него за да го уништат неговиот камен на филозофот.
Алфонс, чиј оклоп е уништен во текот на последниот конфликт против Таткото, му дава на неговиот дух да ја врати десната рака, кој пак го уништи Татковиот камен, испраќајќи го назад во етеричната Порта на вистината на Едвард. Едвард ја губи својата моќ да прави алхемија за да ја опорави душата и телото на Алфонс. Хоенхајм го гледа гробот каде умира имајќи насмевка на Триша.
